Учебный центр образован в 2005 году при поддержке Управления ФСТЭК по Северо-Западному федеральному округу и Управления ФСБ России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области.
ЧОУДПО «СЗЦКЗИ» включен в Перечень учебных заведений, осуществляющих подготовку специалистов по вопросам защиты информации, свидетельство об окончании которых освобождает руководителей организаций от государственной аттестации, утвержденный решением Межведомственной комиссии по защите государственной тайны от 28.04.2015 № 305.