Учебный центр образован в 2005 году при поддержке Управления ФСТЭК по Северо-Западному федеральному округу и Управления ФСБ России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области.
ЧОУДПО «СЗЦКЗИ» включен в Перечень организаций, осуществляющих образовательную деятельность, имеющих дополнительные профессиональные программы в области информационной безопасности, согласованные с Федеральной службой по техническому и экспортному контролю.
В соответствии с Решением Межведомственной комиссии по защите государственной тайны от 28 апреля 2015 г. № 305 СЗЦКЗИ включен в Перечень организаций, осуществляющих образовательную деятельность, по окончании которых выдается документ об образовании и (или) квалификации, дающий право руководителям организаций, ответственных за защиту сведений, составляющих государственную тайну, считаться прошедшими государственную аттестацию.